hCov-229E-Panel Pseudovirus Standard Reference
CBV30026
| I. 背景 | |
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HCoV-229E和HCoV-OC43都是在1960年代發(fā)現(xiàn)的，多年來(lái)一直被公認(rèn)為引起普通感冒的原因，并在一生中引起頻繁的再感染。在成年人中，這些病毒每年占急性呼吸道疾病的 4％至15％，在高峰期高達(dá)35％。兒童的年發(fā)病率達(dá)到8％，最高發(fā)病率高達(dá)20％。據(jù)報(bào)道，成人中229E和OC43病毒的感染頻率為每年每100人15至25人不等，其中有80％的感染者是先前具有該感染病毒抗體的人。 根據(jù)CDC和WHO的介紹，針對(duì)HCoV-229E的核酸酸診斷一般是針對(duì)RdRP (RNA-dependent RNA polymerase)、Gene N和Gene E， Gene S更多用于對(duì)應(yīng)藥物和疫苗的開發(fā)。NCBI收錄序列為NC_002645.1，全長(zhǎng)27317bp，基因編碼4個(gè)結(jié)構(gòu)蛋白：S，M，N和E。 以往針對(duì)試劑盒檢測(cè)限的性能評(píng)價(jià)，一般是選擇體外轉(zhuǎn)錄的RNA、或者臨床陽(yáng)性病毒來(lái)作為標(biāo)準(zhǔn)品，用于性能評(píng)價(jià)。但是兩者都具有很明顯的確定，首先體外轉(zhuǎn)錄的RNA，一般是很純，單一，不涉及提取，不符合臨床病毒的微環(huán)境，因此必然造成檢測(cè)靈敏度被高估，這也是存在高概率假陰性的主要原因；再次臨床陽(yáng)性病毒，即使是滅活的病毒，也是存在很大的生物安全隱患，因此要求實(shí)驗(yàn)室級(jí)別為P3-P4，大部分開發(fā)診斷試劑盒單位都不滿足改要求，另外臨床陽(yáng)性病毒也是來(lái)源很有限，不能被穩(wěn)定供應(yīng)，反復(fù)用于試劑盒的性能評(píng)價(jià)。 |
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| II.產(chǎn)品描述 | |
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有病毒的完整包膜結(jié)構(gòu)，有HCoV-229E對(duì)應(yīng)的核酸序列，但是生物安全風(fēng)險(xiǎn)較低的假病毒標(biāo)準(zhǔn)品，完美的克服了選擇體外轉(zhuǎn)錄的RNA、或者臨床陽(yáng)性病毒來(lái)作為標(biāo)準(zhǔn)品的缺點(diǎn)，非常適合用于核酸診斷性能評(píng)價(jià)的標(biāo)準(zhǔn)品。 構(gòu)建過(guò)程：HCoV-229E基因合成→假病毒包裝→純化→QC檢測(cè)（ddPCR） |
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| III. 產(chǎn)品介紹 | |
| 產(chǎn)品名稱: | hCov-229E-Panel Pseudovirus Standard Reference |
| 對(duì)應(yīng)序列（詳情見附錄）: |
ORF1ab/RdRP(2780bp)、Gene N(1170bp)、Gene E(234bp) |
| 產(chǎn)品規(guī)格: | 1ml |
| 拷貝數(shù): | |
| 生物安全級(jí)別: | P2 |
| 運(yùn)輸與保存方式: | 干冰運(yùn)輸，-90 ~ -70°C保存 |
| IV. 產(chǎn)品用途與優(yōu)勢(shì) | |
| 產(chǎn)品用途: | HCoV-229E診斷試劑盒性能評(píng)價(jià) |
| 產(chǎn)品優(yōu)勢(shì): | • HCoV-229E的假病毒標(biāo)準(zhǔn)品，區(qū)別于以往體外合成的RNA、臨床陽(yáng)性活病毒，完美克服兩者的缺點(diǎn)，真正適合用于試劑盒的性能評(píng)價(jià)，包含檢測(cè)限、特異性，重復(fù)性等；
• 根據(jù)HCoV-229E冠狀病毒的特點(diǎn)，選取了ORF1ab/RdRP（RNA-dependent RNA polymerase）、Gene E(envelope protein)、Gene N(nucleocapsid phosphoprotein)合計(jì)3個(gè)區(qū)段的序列，用于假病毒的包裝，3個(gè)區(qū)段很好的表征了HCoV-229E的特征序列； • 科佰生物設(shè)計(jì)了ddPCR體系的引物、探針序列，可不需要構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)曲線的前提下完成對(duì)假病毒的QC拷貝數(shù)檢測(cè)，非常準(zhǔn)確表征標(biāo)準(zhǔn)品的拷貝數(shù)，而且克服了Q-PCR分析CT值的相對(duì)判斷標(biāo)準(zhǔn)的不準(zhǔn)確性； • 假病毒標(biāo)準(zhǔn)品，無(wú)致病性，可再生，質(zhì)控方法可靠，批次間穩(wěn)定，可以長(zhǎng)期穩(wěn)定制備和供應(yīng)，而且要求實(shí)驗(yàn)室生物安全級(jí)別為P2，滿足很多單位的安全需求。 |
| Ⅴ. 附錄 | |
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ORF1ab/RdRP: 1 agttttgata gcagttattt aaacgagtca ggggctctag tgccgctcga ctagagccct
61 gtaatggtac agacatagat tactgtgtcc gtgcatttga cgtttacaat aaagatgcgt
121 cttttatcgg aaaaaatctg aagtccaatt gtgtgcgctt caagaatgta gataaggatg
181 acgcgttcta tattgttaaa cgttgcatta agtcagttat ggaccacgag cagtccatgt
241 ataacttact taaaggctgt aatgctgttg ctaagcatga tttctttact tggcatgagg
301 gcagaaccat ttatggtaat gttagtagac aggatcttac taaatacacc atgatggatt
361 tgtgcttcgc tctgcgtaac tttgatgaaa aagattgtgg agtttttaag gagatattgg
421 ttcttactgg ttgttgtaat actgattact ttgaaatgaa gaattggttt gaccccatag
481 aaaatgagga catacaccgt gtgtatgctg ctttaggcaa ggtagttgca aatgcaatgc
541 ttaagtgtgt tgctttttgc gacgaaatgg tgctcaaagg agttgttggt gttttgacct
601 tagacaacca agatcttaat gggaatttct atgacttcgg tgattttgta ttgtgtcctc
661 ctggaatggg aataccctac tgcacgtcat actatgctta tatgatgcct gttatgggta
721 tgactaattg tttagctagt gagtgcttta tgaaaagtga catctttggt caagacttca
781 aaacttttga tttgttgaaa tatgatttca cagaacataa ggaggttttg tttaacaagt
841 actttaagta ttggggacag gattatcatc ctgattgtgt tgattgccat gacgagatgt
901 gtattttgca ttgttcaaat tttaacacac tcttcgcaac cacaattcca aacacagctt
961 ttggacctct gtgcagaaaa gtgtttattg atggtgtacc cgtagttgct actgctggtt
1021 accactttaa acaattagga cttgtgtgga acaaagatgt taacacccat tctaccagac
1081 ttactattac tgaactctta cagtttgtga cagatccaac gcttatagtt gcgtcatcgc
1141 ctgccttggt ggacaaacgc actgtttgtt tttctgtcgc tgctttgagt acaggattaa
1201 catcccaaac agtaaaacct ggccatttta ataaggagtt ttatgacttc ttacgttctc
1261 aagggttttt cgatgagggt tcagaattaa cattgaagca tttctttttt acacaaaagg
1321 gtgatgctgc aattaaagat tttgattatt atcgttacaa cagacctacc attctggata
1381 ttggacaagc tcgcgtagca tatcaagtgg cagctcgcta ttttgactgt tacgagggtg
1441 gctgtattac atctagagag gttgttgtta caaaccttaa taaaagcgct ggttggcccc
1501 ttaataagtt tggtaaagct ggtttatatt atgagtctat tagttatgag gaacaagatg
1561 ctattttttt attaacaaag cgtaatattc tccctactat gactcagtta aatcttaaat
1621 atgccatatc tggtaaggaa cgtgcacgta cagtgggtgg cgtctcttta ttagctacta
1681 tgactacacg acagtttcat cagaaatgtc taaaatccat agtagctacc agaaatgcca
1741 ctgttgttat cggcactacc aagttttatg gcggttggga taatatgtta aagaacctga
1801 tggccgatgt tgacgatcct aaattgatgg gatgggacta tcctaagtgc gatagagcta
1861 tgccctcaat gattcgtatg ttgtcggcta tgattttagg ttctaagcat gtcacatgtt
1921 gtacggctag tgataaattt tatagactta gtaatgagct tgctcaagtt ttgaccgagg
1981 ttgtttattc aaatggtggg ttttatttta aacctggtgg tacaacttct ggtgatgcaa
2041 ctacagccta cgccaattct gtctttaata tatttcaggc tgtaagttct aacattaatt
2101 gcgttttgag cgttaactcg tcaaattgca ataattttaa tgttaagaag ttacagagac
2161 aactctatga taattgctat agaaatagta atgttgatga atcttttgtg gatgactttt
2221 atggttattt gcaaaagcat ttttctatga tgattctttc tgatgatggt gttgtgtgct
2281 ataataaaac ttatgctgaa cttggttaca ttgctgatat tagtgctttt aaagccactt
2341 tgtattatca gaatggtgtg tttatgagta cagctaagtg ttggactgag gaagatcttt
2401 ctataggacc tcatgaattt tgctcacagc acactatgca gattgtagat gaaaatggta
2461 agtattatct accatatcca gatcctagcc gtattatttc tgctggtgtt tttgtggatg
2521 acgtcactaa gactgatgct gtcattcttt tggaacgcta tgtttctctg gctatagatg
2581 catacccatt gtctaagcat cctaaacctg agtacaggaa ggtgttttac gcattgttag
2641 attgggttaa acatctcaac aagactctta acgaaggtgt tttggagtct ttttctgtta
2701 cacttttaga tgaacatgag tctaagtttt gggatgaaag cttttatgct agtatgtatg
2761 agaagtctac agtattacaa
Gene N: atggc tacagtcaaa tgggctgatg catctgaacc acaacgtggt cgtcagggta
25741 gaatacctta ttctctttat agccctttgc ttgttgatag tgaacaacct tggaaggtga
25801 tacctcgtaa tttggtaccc atcaacaaga aagacaaaaa taagcttata ggctattgga
25861 atgttcaaaa acgtttcaga actagaaagg gcaaacgggt ggatttgtca cccaagctgc
25921 atttttatta tcttggcaca ggaccccata aagatgcaaa atttagagag cgtgttgaag
25981 gtgtcgtctg ggttgctgtt gatggtgcta aaactgaacc tacaggttac ggtgttaggc
26041 gcaagaattc agaaccagag ataccacact tcaatcaaaa gctcccaaat ggtgttactg
26101 ttgttgaaga acctgactcc cgtgctcctt cccggtctca gtcgaggtcg cagagtcgcg
26161 gtcgtggtga atccaaacct caatctcgga atccttcaag tgacagaaac cataacagtc
26221 aggatgacat catgaaggca gttgctgcgg ctcttaaatc tttaggtttt gacaagcctc
26281 aggaaaaaga taaaaagtca gcgaaaacgg gtactcctaa gccttctcgt aatcagagtc
26341 ctgcttcttc tcaaacttct gccaagagtc ttgctcgttc tcagagttct gaaacaaaag
26401 aacaaaagca tgaaatgcaa aagccacggt ggaaaagaca gcctaatgat gatgtgacat
26461 ctaatgtcac acaatgtttt ggccccagag accttgacca caactttgga agtgcaggtg
26521 ttgtggccaa tggtgttaaa gctaaaggct atccacaatt tgctgagctt gtgccgtcaa
26581 cagctgctat gctgtttgat agtcacattg tttccaaaga gtcaggcaac actgtggtct
26641 tgactttcac tactagagtg actgtgccca aagaccatcc acacttgggt aagtttcttg
26701 aggagttaaa tgcattcact agagaaatgc aacaacatcc tcttcttaac cctagtgcac
26761 tagaattcaa cccatctcaa acttcacctg caactgctga accagtgcgt gatgaagttt
26821 ctattgaaac tgacataatt gatgaagtaa actaa
Gene E： a tgttccttaa gctagtggat gatcatgctt
24781 tggttgttaa tgtactactc tggtgtgtgg tgcttatagt gatactacta gtgtgtatta
24841 caataattaa actaattaag ctttgtttca cttgccatat gttttgtaat agaacagttt
24901 atggccccat taaaaatgtg taccacattt accaatcata tatgcacata gaccctttcc
24961 ctaaacgagt tattgatttc taa
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